Informacje ogólne:
Metoda ta pozwala na analizę dziesiątek tysięcy transkryptów i dostarcza precyzyjne informacje na temat poziomów ich ekspresji. W porównaniu z metodami opartymi na mikromacierzach, metoda RNA-seq charakteryzuje się znacznie większą czułością i dokładnością. Obecnie metoda RNA-seq jest szeroko stosowana w badaniach chorób genetycznych, odkrywaniu biomarkerów, farmakokinetyce, farmakotoksykologii i medycynie spersonalizowanej. Wykorzystanie możliwości oznaczania kierunku transkryptu pozwala na precyzyjne określenie poziomu ekspresji jak i detekcję antysensownych form RNA przy zastosowaniu bibliotek zachowujących informacje o kierunku transkryptu (ang: stranded / directional / strand-specific libraries).
Analiza bioinformatyczna:
Analiza standardowa (genom referencyjny jest dostępny)
- mapowanie odczytów do genomu referencyjnego
- podliczenie ilości odczytów zmapowanych do poszczególnych genów
- przypisanie annotacji dla genów
- analiza różnicowa ekspresji w obrębie porównań (DEGs)
- interpretacja funkcjonalną opartą na ontologii genów (GO) i szlakach KEGG
- analiza GSEA (Gene Set Enrichment Analysis) - identyfikacja istotnych szlaków biologicznych lub funkcji genów na podstawie wzorca ich ekspresji
Analiza niestandardowa (brak genomu referencyjnego)
- złożenie odczytów z próbek de novo w celu uzyskania referencyjnego zbioru traknskryptów
- mapowane odczytów każdej z próbek oddzielnie do uzyskanej w poprzednim kroku referencji
- oszacowanie ilości danego transkryptu w każdej próbce, przypisanie annotacji dla zbioru referencyjnych transkryptów programem Trinotate
- analiza różnicowa ekspresji w obrębie porównań (DEGs)
- niestandardowa interpretacja funkcjonalna – nie oparta bezpośrednio o dane zawarte w referencyjnych bazach GO oraz KEGG lecz o wyniki annotacji innymi programami
Analiza rozszerzona
- wykrywanie wariantów SNP / InDel wraz z annotacją wariantów
- analiza w punktach czasowych
- wykrywanie alternatywnego splicingu
Parametry techniczne - wymagania dotyczące próbek:
|