Informacje ogólne:

Sekwencjonowanie małych RNA jest najbardziej wiarygodną metodą identyfikacji i profilowania małych RNA, które obejmują microRNA, siRNA, piRNA i rRNA. MicroRNA pełnią kluczową rolę we wzroście, rozwoju, różnicowaniu i śmierci komórek, dlatego są interesującym tematem badawczym na całym świecie. Sekwencjonowanie microRNA  pozwala na wnikliwą obserwację procesów molekularnych a co za tym idzie zrozumienie mechanizmów powstawania choroby. Sekwencjonowanie małych RNA z biegiem lat staje się coraz bardziej popularną techniką która umożliwia opracowywanie nowych leków oraz biomarkerów molekularnych.

Analiza bioinformatyczna:

• przycinanie i filtrowanie odczytów przygotowanie plików wynikowych wyników w formacie .fastq i .fasta
• analiza długości małych RNA
• identyfikacja rRNA, tRNA, snRNA, snoRNA
• porównanie małych RNA ze znanymi miRNA w bazie miRBase
• rozkład genów kodujących małe RNA w badanym genomie
• analiza wspólnych i specyficznych sekwencji pomiędzy parami próbek
• analiza wzorca ekspresji znanych miRNA
• przewidywanie nowych miRNA i ich struktur drugorzędowych
• ustalenie różnic ekspresji poszczególnych miRNA pomiędzy parami próbek (np. kontrola vs próbka)
• dopasowanie genów docelowych dla cząsteczek miRNA
• analiza funkcjonalna genów docelowych - ontologia genów (GO), ścieżki KEGG

Parametry techniczne - wymagania dotyczące próbek: Stan: całkowite RNA oczyszczone enzymem DNazą Ilość: ≥ 2 μg Stężenie: 50 ng/μl Objętość: ≥ 20 μl Czystość: brak kontaminacji białkami, OD260/280 ≥ 2.0, OD260/230 ≥ 2.0 Jakość: próbka niezdegradowana, 28S:18S ≥ 1.0, RIN ≥ 8.0 (wg Agilent Bioanalyzer 2100)