Banner
Banner
Banner


Nauka > Ngs - services > Metagenomics
Metagenomics Print
Metagenomika: sekwencjonowanie regionów zmiennych mikroorganizmów (16S rDNA - bakterie, ITS- grzyby)    

Attention: open in a new window.

Informacje ogólne:

Metagenomika stanowi metodę analizy genomu złożonego z ogółu mikroorganizmów zasiedlających dany mikrobiom (np. glebę). Poprzez sekwencjonowanie fragmentów zmiennych w genomach możliwe jest zrozumienie różnorodności genetycznej, składu populacyjnego oraz wpływu ekologicznego mikroorganizmów badanego środowiska. Technika sekwencjonowania regionów hiperzmiennych pozwala na wgląd w genetyczną różnorodność bez konieczności prowadzenia hodowli komórkowych. Informacje uzyskane z sekwencjonowania, interpretowane w aspekcie mikrobiomu i utrzymania jego homeostazy, mogą stanowić cenną wiedzę zarówno w ochronie środowiska, jak i szeroko pojętym przemyśle (w tym przemyśle farmaceutycznym).


Zalety wykorzystania NGS w sekwencjonowaniu regionów hiperzmiennych mikroorganizmów:

  • duża wydajność metody i niskie koszty badania
  • skupienie analizy wyłącznie na regionach hiperzmiennych mikroorganizmów
  • ułatwienie analizy w oparciu o istniejące bazy referencyjne danych genetycznych
  • różne metody analizy wyników (wskaźniki różnorodności, skład populacyjny, drzewa filogenetyczne)



Analiza bioinformatyczna:

Podstawowa

  • filtrowanie danych

  • klasteryzacja i wyodrębnienie ASV (ang. Amplicon Sequence Variants) lub OTU (ang. Operational Taxonomic Units), wynik w postaci tabel excel z % udziałem taksonów w próbce

Rozszerzona

  • analiza różnorodności (alpha- i beta- diversity)

  • analiza głównych składowych (PCA) i analiza głównych współrzędnych (PCoA)

  • konstrukcja drzew filogenetycznych

  • porównanie grup próbek we wskazanym przez Klienta schemacie

  • analiza statystyczna

  • graficzne przedstawienie wyników (wykresy słupowe, kołowe oraz heat tree)


Parametry techniczne- wymagania dotyczące próbek:

Metabarkoding oparty o wybrany region hiperzmienny np. V3-V4 16S, ITS1:

  • Stan próbki: wyizolowane DNA metagenomowe

  • Ilość próbki: ≥ 50 ng

  • Stężenie próbki: ≥ 5 ng/μl

  • Objętość próbki: ≥ 20 μl

  • Jakość próbki: próbka niezdegradowana

  • Czystość próbki: OD260/280 = 1,8 - 2,0

Metabarkoding oparty o pełnej długości amplikony 16S, ITS1-5.8S-ITS2 lub 18S:

  • Stan próbki: wyizolowane DNA metagenomowe

  • Ilość próbki: ≥ 300 ng

  • Stężenie próbki: ≥ 15 ng/μl

  • Objętość próbki: ≥ 20 μl

  • Jakość próbki: próbka niezdegradowana

  • Czystość próbki: OD260/280 = 1,8 - 2,0

odwiedź nas na facebooku
© Copyright by Genomed S.A. Wykonanie: Delta Interactive