Banner
Banner
Banner


Nauka > Ngs - services > Small rna sequencing
Small RNA Sequencing Print
Sekwencjonowanie małych RNA    

Attention: open in a new window.

Informacje ogólne:

Sekwencjonowanie małych RNA jest najbardziej wiarygodną metodą identyfikacji i profilowania małych RNA, które obejmują microRNA, siRNA, piRNA i rRNA. MicroRNA pełnią kluczową rolę we wzroście, rozwoju, różnicowaniu i śmierci komórek, dlatego są interesującym tematem badawczym na całym świecie. Sekwencjonowanie microRNA  pozwala na wnikliwą obserwację procesów molekularnych a co za tym idzie zrozumienie mechanizmów powstawania choroby. Sekwencjonowanie małych RNA z biegiem lat staje się coraz bardziej popularną techniką która umożliwia opracowywanie nowych leków oraz biomarkerów molekularnych.


Analiza bioinformatyczna:

  • przycinanie i filtrowanie odczytów przygotowanie plików wynikowych wyników w formacie .fastq i .fasta
  • analiza długości małych RNA
  • identyfikacja rRNA, tRNA, snRNA, snoRNA
  • porównanie małych RNA ze znanymi miRNA w bazie miRBase
  • rozkład genów kodujących małe RNA w badanym genomie
  • analiza wspólnych i specyficznych sekwencji pomiędzy parami próbek
  • analiza wzorca ekspresji znanych miRNA
  • przewidywanie nowych miRNA i ich struktur drugorzędowych
  • ustalenie różnic ekspresji poszczególnych miRNA pomiędzy parami próbek (np. kontrola vs próbka)
  • dopasowanie genów docelowych dla cząsteczek miRNA
  • analiza funkcjonalna genów docelowych - ontologia genów (GO), ścieżki KEGG



Parametry techniczne - wymagania dotyczące próbek:

  1. Stan: całkowite RNA oczyszczone enzymem DNazą
  2. Ilość: ≥ 2 μg
  3. Stężenie: 50 ng/μl
  4. Objętość: ≥ 20 μl
  5. Czystość: brak kontaminacji białkami, OD260/280 ≥ 2.0, OD260/230 ≥ 2.0
  6. Jakość: próbka niezdegradowana, 28S:18S ≥ 1.0, RIN ≥ 8.0 (wg Agilent Bioanalyzer 2100)


odwiedź nas na facebooku
© Copyright by Genomed S.A. Wykonanie: Delta Interactive