Platforma AVITI™, wprowadzona przez firmę Element Biosciences w 2022 roku, stanowi znaczący krok naprzód w technologii NGS. System AVITI eliminuje wiele ograniczeń klasycznych metod sekwencjonowania przez syntezę (SBS, ang. sequencing by synthesis), tj. duplikacja odczytów, przeskakiwanie indeksów (ang. index hopping) i powielanie błędów PCR, oferując wyższą dokładność uzyskiwanych danych.

Kluczowe zalety systemu AVITI™ i technologii Avidity Sequencing™

AVITI™ wykorzystuje metodę sekwencjonowania przez wiązanie (SBB, ang. sequencing by binding) oraz amplifikację metodą toczącego się koła (RCA, ang. rolling circle amplification) zamiast klasycznej amplifikacji PCR (stosowanej w platformach Illumina). Wolna od PCR procedura przekłada się na odczyty o wysokiej jakości, zwiększoną dokładność i ograniczenie artefaktów:

• AVITI konsekwentnie osiąga ponad 96% zasad na poziomie Q30 lub wyższym, nierzadko nawet Q40, co umożliwia bardziej wiarygodne wykrywanie wariantów.
• Jednolita jakość odczytów na całej długości. W przeciwieństwie do klasycznego SBS, w którym jakość spada pod koniec odczytu, AVITI utrzymuje wysoką jakość nawet przy długości 300 pz, co ułatwia łączenie odczytów i ogranicza powstawanie chimerycznych sekwencji.
• Minimalna wrażliwość na %GC i niski wskaźnik duplikacji odczytów. Dzięki amplifikacji RCA bez PCR ograniczono artefakty związane z amplifikacją, co zwiększa czułość w wykrywaniu rzadkich wariantów.

Kluczowe cechy zapewniające najwyższą wydajność

1.Wolna od PCR amplifikacja kolistych bibliotek DNA w stałej temperaturze:

• Generuje gęsto upakowane polonie na płytce przepływowej.
• Eliminuje powstawanie chimer i artefaktów mutacyjnych.

2. Zastosowanie awidytów (opatentowanych cząsteczek o wysokiej specyficzności wiązania DNA):

• Brak konieczności amplifikacji sygnału metodą PCR.
• Precyzyjne włączanie zasad poprawia stosunek sygnału do szumu.

3. Gęsta formacja polonii zwiększa efektywność wykorzystania odczynników i siłę sygnału.

4. Znikomy poziom przeskakiwania indeksów (≈0%) – kluczowe przy analizie wielu prób lub prób wrażliwych na kontaminację (np. single-cell RNA-Seq, metabarcoding). Efekt uzyskany dzięki:

• zastosowaniu RCA zamiast amplifikacji mostkowej (brak wolnych oligonukleotydów indeksujących),
• braku amplifikacji klastrów na płytce przepływowej, co eliminuje kontaminację między klastrami.

Pełna zgodność z istniejącymi procedurami NGS

System AVITI jest w pełni kompatybilny z ustalonymi protokołami:

• Obsługuje standardowe biblioteki Illumina — nie ma potrzeby modyfikacji protokołów ich przygotowania.
• Generuje dane w formacie FASTQ, zgodnym z istniejącymi ścieżkami analiz bioinformatycznych.

Genomed S.A. – sekwencjonowanie NGS wykorzystujące system AVITI™

Sekwencjonowanie całych genomów (WGS) organizmów prokariotycznych i eukariotycznych w trybach 2×150 bp lub 2×300 bp;

• Sekwencjonowanie amplikonów/metabarkoding regionów hiperzmiennych (np. V3-V4 genu 16S rRNA, ITS1, ITS2) w trybie 2×300 bp;
• Sekwencjonowanie pełnych metagenomów – analiza potencjału funkcjonalnego społeczności mikroorganizmów;
• Sekwencjonowanie całych egzomów (WES) u ludzi i organizmów modelowych;
• Sekwencjonowanie bibliotek przygotowanych przez klientów.

Dodatkowo oferujemy:

• izolację DNA z różnych typów próbek
• analizy bioinformatyczne dostosowane do danych generowanych przez AVITI (m.in. klasyfikacja taksonomiczna, identyfikacja wariantów itp.).

Zapraszamy do kontaktu w celu pomocy przy projektowaniu eksperymentów lub w przypadku pytań. Adres email na który można kierować pytania na temat NGS: Adres poczty elektronicznej jest chroniony przed robotami spamującymi. W przeglądarce musi być włączona obsługa JavaScript, żeby go zobaczyć.