Usługi Sekwencjonowania NGS
RNA-seq (transkryptom)
Informacje ogólne:
Sekwencjonowanie RNA za pomocą NGS szybko staje się doskonałym narzędziem w profilowaniu transkryptomu. Transkryptomem nazywany jest pełny zestaw transkryptów, obejmujący głównie mRNA, ale również małe cząsteczki RNA jak np. rRNA i tRNA. RNA-seq (transkryptom) dostarcza szerokiej gamy informacji na temat ekspresji genów i ma duże zastosowanie w badaniach naukowych, medycznych i farmakologicznych.
-
Standardowa analiza bioinformatyczna dotycząca składania transkryptomów de Novo oraz analiza bioinformatyczna sekwencjonowania transkryptomów DSN (Duplex-specific Nuclease normalization transcriptome sequencing).
- Filtrowanie danych – usuwanie adapterów oraz odczytów niskiej jakości z nieprzetworzonych danych.
- Analiza statystyczna oraz ocena danych.
- Weryfikacja wyników składania transkryptomów de Novo.
- Szeroka analiza danych za pomocą bazy UniGene:
- Adnotacja funkcji. - Klasyfikacja GO. - Analiza ścieżek metabolicznych. - Przewidywanie regionów kodujących białek (CDS). - Analiza różnic w ekspresji genów.
|
-
Standardowa analiza bioinformatyczna dotycząca resekwencjonowania transkryptomów.
- Filtrowanie danych – usuwanie adapterów oraz odczytów niskiej jakości z nieprzetworzonych danych.
- Ocena sekwencjonowania pod kątem ilościowym i jakościowym.
- Określenie ekspresji genów oraz adnotacja.
- Analiza różnić w ekspresji genów.
- Udoskonalenie struktur genów (tylko organizmy eukariotyczne)
- Identyfikacja alternatywnych form transkrypcyjnych (tylko organizmy eukariotyczne)
- Przewidywanie nowych transkryptów.
- Analiza SNP.
|
-
Analiza bioinformatyczna sekwencjonowania transkryptomów SS (strand-specific transciptomes):
- Identyfikacja nici antysensownych i sensownych.
- Detekcja ekspresji nici antysensownej.
- Analizy przedstawione w bioinformatycznej analizie resekwencjonowania transkryptomów.
|
Parametry techniczne - wymagania dotyczące próbek:
- Stan próbki: wymagana jest próbka RNA oczyszczona enzymem DNAzą. Należy unikać kontaminacji białkami podczas izolacji RNA.
- Ilość próbki do przygotowywania biblioteki:
- Rośliny i grzyby: Ilość RNA >= 20μg
- Bakterie: ilość RNA >= 5μg
- Ssaki (człowiek, szczur i mysz): ilość RNA >= 5μg
- Inne gatunki: ilość RNA >= 10μg
- Stężenie próbki:
- Rośliny i grzyby: >= 250ng/μl
- Bakterie: >= 65 ng/μl
- Ssaki (człowiek, szczur i mysz): >= 65 ng/μl
- Inne próbki: >= 150 ng/μl
- Czystość próbki: OD260/280 >= 1.8, OD260/230 >= 1.8.
- Rośliny i grzyby: 28S:18S >= 1.0, RIN >= 6.5
- Bakterie: 23S:16S >= 1.0, RIN >= 6.0
- Ssaki: 28S:18S >= 1.0, RIN >= 7.0.
|