Informacje ogólne:

Metagenomika stanowi metodę analizy genomu złożonego z ogółu mikroorganizmów zasiedlających dany mikrobiom (np. glebę). Poprzez sekwencjonowanie fragmentów zmiennych w genomach możliwe jest zrozumienie różnorodności genetycznej, składu populacyjnego oraz wpływu ekologicznego mikroorganizmów badanego środowiska. Technika sekwencjonowania regionów hiperzmiennych pozwala na wgląd w genetyczną różnorodność bez konieczności prowadzenia hodowli komórkowych. Informacje uzyskane z sekwencjonowania, interpretowane w aspekcie mikrobiomu i utrzymania jego homeostazy, mogą stanowić cenną wiedzę zarówno w ochronie środowiska, jak i szeroko pojętym przemyśle (w tym przemyśle farmaceutycznym).

Zalety wykorzystania NGS w sekwencjonowaniu regionów hiperzmiennych mikroorganizmów:

• duża wydajność metody i niskie koszty badania
• skupienie analizy wyłącznie na regionach hiperzmiennych mikroorganizmów
• ułatwienie analizy w oparciu o istniejące bazy referencyjne danych genetycznych
• różne metody analizy wyników (wskaźniki różnorodności, skład populacyjny, drzewa filogenetyczne)